Program Studi Doktor Ilmu Farmasi FFUP mulai diselenggarakan pada tahun 2016 dengan izin operasional SK Menristek Dikti Nomor 104/KPT/I/2016, tertanggal 16 Februari 2016. Program Studi Doktor Ilmu Farmasi Universitas Pancasila ini merupakan program studi ilmu farmasi Swasta pertama tahun 2016 yang diberi ijin penyelenggaraan oleh Kemenristek Dikti. tahun 2018, Progam Doktor Ilmu Farmasi mengajukan akreditasi. Prodi ini didirikan dengan maksud memberikan kontribusi signifikan bagi institusi, masyarakat dan industri obat, kosmetika maupun nutrasetika berbasis bahan alam dari keanekaragaman hayati Indonesia. terselenggaranya pendidikan Doktor Ilmu Farmasi Universitas Pancasila merupakan bukti bahwa Universitas Pancasila mendukung sepenuhnya program Kemenristek Dikti dalam peningkatan jumlah lulusan S3 dan publikasi internasional.

Pada awal prodi ini terselenggara, jabatan Kaprodi dirangkap oleh Dekan FFUP yakni Prof. Dr. Shirly Kumala, M.Biomed., Apt., selama 2 (dua) tahun akademik. Saat ini jabatan Kaprodi diserahkan kepada Prof. Dr. Syamsudin, M.Biomed., Apt., dan yang menjabat sebagai Sekprodi adalah Dr. rer. nat. apt. Deni Rahmat. M.Si.